Author Topic: dealing with frozen atoms  (Read 3350 times)

jbaltrus

  • Full Member
  • ***
  • Posts: 71
  • Karma: +0/-0
dealing with frozen atoms
« on: February 06, 2013, 10:20:53 AM »
I am getting seemingly insurmountable problems with both NumForce and aoforce. I have frozen atoms and would like to count them out so I get no negatives. So first I try pbe+dispersion def2-SVP

NumForce -ri -frznuclei -mfile $TMPDIR/turbomole.hosts > numforce.out

and every single displacement calculation ends up erroneous with a nonsense energy in the iteration

 Starting SCF iterations

          Overall gridpoints after grid construction =        513581

 ITERATION  ENERGY          1e-ENERGY        2e-ENERGY     NORM[dD(SAO)]  TOL
   1  -18400.683325537    -140166.61399     64374.982536    0.000D+00 0.156D-11
                            Exc = -1556.35781593     Coul =  65931.3403524    
                              N = 1235.9972650    
                            current damping = 0.700
 
          max. resid. norm for Fia-block=  1.873D-03 for orbital    299a        
          max. resid. fock norm         =  1.088D-02 for orbital   2025a        

 ITERATION  ENERGY          1e-ENERGY        2e-ENERGY     NORM[dD(SAO)]  TOL
   2  -25250.371992198    -140166.60015     57525.280030    0.886D-02 0.988D-12
                            Exc = -23523.3261206     Coul =  81048.6061501    
                              N = 4497.4917208    
                            current damping = 0.650
 
          Norm of current diis error:  18.648    
          max. resid. norm for Fia-block=  1.570D-01 for orbital     28a        
          max. resid. fock norm         =  1.574D-01 for orbital     28a        
 operating system is UNIX !
 hostname is         compute-9-220.local

 data group $actual step is not empty
 due to the abend of ridft


 check reason for abend ...

 use the command  'actual -r'  to get rid of that

 
 MODTRACE: no modules on stack

  CONTRL dead = actual step
 rdgrad ended abnormally
$dipole from ridft
  x    -1.75611910909754    y    -0.80875050952608    z     1.02667129798734    a.u.
   | dipole | =    5.5641367862  debye
/Users/jbaltrus/CH3SH_ZSM5/HZSM5/numforce/KraftWerk/xm01

then I try aoforce with

h  122-169                                                                     \
   basis =h def2-SVP                                                           \
   jbas  =h def2-SVP                                                           \
   mass  =9999999.00000000

and I get lots of small negatives. I assume that if I specified mass as infinity I would get those zeroes out but not sure hot to completely get rid of them. Is my structure technically at the minimum and can I use this ZPE?

$vibrational spectrum
#  mode     symmetry     wave number   IR intensity    selection rules
#                         cm**(-1)        km/mol         IR     RAMAN
     1                       -0.53         0.00000        -       -
     2                       -0.38         0.00000        -       -
     3                       -0.35         0.00000        -       -
     4                       -0.35         0.00000        -       -
     5                       -0.32         0.00000        -       -
     6                       -0.26         0.00000        -       -
     7                       -0.22         0.00000        -       -
     8                       -0.22         0.00000        -       -
     9                       -0.22         0.00000        -       -
    10                       -0.22         0.00000        -       -
    11                       -0.20         0.00000        -       -
    12                       -0.19         0.00000        -       -
    13                       -0.19         0.00000        -       -
    14                       -0.19         0.00000        -       -
    15                       -0.18         0.00000        -       -
    16                       -0.17         0.00000        -       -
    17                       -0.17         0.00000        -       -
    18                       -0.17         0.00000        -       -
    19                       -0.17         0.00000        -       -
    20                       -0.16         0.00000        -       -
    21                       -0.15         0.00000        -       -
    22                       -0.15         0.00000        -       -
    23                       -0.15         0.00000        -       -
    24                       -0.15         0.00000        -       -
    25                       -0.15         0.00000        -       -
    26                       -0.14         0.00000        -       -
    27                       -0.14         0.00000        -       -
    28                       -0.14         0.00000        -       -
    29                       -0.13         0.00000        -       -
    30                       -0.13         0.00000        -       -
    31                       -0.13         0.00000        -       -
    32                       -0.12         0.00000        -       -
    33                       -0.12         0.00000        -       -
    34                       -0.11         0.00000        -       -
    35                       -0.11         0.00000        -       -
    36                       -0.11         0.00000        -       -
    37                       -0.11         0.00000        -       -
    38                       -0.10         0.00000        -       -
    39                       -0.10         0.00000        -       -
    40                       -0.10         0.00000        -       -
    41                       -0.10         0.00000        -       -
    42                       -0.10         0.00000        -       -
    43                       -0.09         0.00000        -       -
    44                       -0.09         0.00000        -       -
    45                       -0.09         0.00000        -       -
    46                       -0.08         0.00000        -       -
    47                       -0.08         0.00000        -       -
    48                       -0.08         0.00000        -       -
    49                       -0.07         0.00000        -       -
    50                       -0.07         0.00000        -       -
    51                       -0.07         0.00000        -       -
    52                       -0.06         0.00000        -       -
    53                       -0.06         0.00000        -       -
    54                       -0.05         0.00000        -       -
    55                       -0.04         0.00000        -       -
    56                       -0.02         0.00000        -       -
    57                        0.00         0.00000        -       -
    58                        0.00         0.00000        -       -
    59                        0.00         0.00000        -       -
    60                        0.00         0.00000        -       -
    61                        0.00         0.00000        -       -
    62                        0.00         0.00000        -       -
    63                        0.03         0.00000        -       -
    64                        0.03         0.00000        -       -
    65                        0.04         0.00000        -       -
    66                        0.05         0.00000        -       -
    67                        0.07         0.00000        -       -
    68                        0.07         0.00000        -       -
    69                        0.07         0.00000        -       -
    70                        0.09         0.00001        -       -
    71                        0.09         0.00000        -       -
    72                        0.10         0.00001        -       -
    73                        0.11         0.00000        -       -
    74                        0.11         0.00000        -       -
    75                        0.12         0.00000        -       -
    76                        0.12         0.00001        -       -
    77                        0.13         0.00001        -       -
    78                        0.13         0.00000        -       -
    79                        0.13         0.00000        -       -
    80                        0.14         0.00001        -       -
    81                        0.14         0.00001        -       -
    82                        0.14         0.00001        -       -
    83                        0.15         0.00000        -       -
    84                        0.15         0.00001        -       -
    85                        0.15         0.00000        -       -
    86                        0.16         0.00001        -       -
    87                        0.16         0.00002        -       -
    88                        0.16         0.00002        -       -
    89                        0.17         0.00000        -       -
    90                        0.17         0.00001        -       -
    91                        0.17         0.00000        -       -
    92                        0.18         0.00000        -       -
    93                        0.18         0.00001        -       -
    94                        0.18         0.00000        -       -
    95                        0.18         0.00002        -       -
    96                        0.19         0.00000        -       -
    97                        0.19         0.00002        -       -
    98                        0.19         0.00001        -       -
    99                        0.20         0.00003        -       -
   100                        0.20         0.00001        -       -
   101                        0.21         0.00002        -       -
   102                        0.21         0.00001        -       -
   103                        0.21         0.00002        -       -
   104                        0.22         0.00001        -       -
   105                        0.22         0.00001        -       -
   106                        0.23         0.00011        -       -
   107                        0.23         0.00009        -       -
   108                        0.24         0.00001        -       -
   109                        0.25         0.00004        -       -
   110                        0.25         0.00004        -       -
   111                        0.26         0.00001        -       -
   112                        0.26         0.00007        -       -
   113                        0.27         0.00001        -       -
   114                        0.28         0.00003        -       -
   115                        0.28         0.00000        -       -
   116                        0.28         0.00000        -       -
   117                        0.29         0.00003        -       -
   118                        0.30         0.00005        -       -
   119                        0.31         0.00001        -       -
   120                        0.32         0.00004        -       -
   121                        0.33         0.00025        -       -
   122                        0.33         0.00001        -       -
   123                        0.33         0.00002        -       -
   124                        0.35         0.00001        -       -
   125                        0.35         0.00002        -       -
   126                        0.35         0.00000        -       -
   127                        0.36         0.00003        -       -
   128                        0.37         0.00007        -       -
   129                        0.37         0.00000        -       -
   130                        0.39         0.00011        -       -
   131                        0.39         0.00001        -       -
   132                        0.40         0.00008        -       -
   133                        0.44         0.00010        -       -
   134                        0.45         0.00002        -       -
   135                        0.45         0.00012        -       -
   136                        0.46         0.00002        -       -
   137                        0.46         0.00001        -       -
   138                        0.47         0.00008        -       -
   139                        0.48         0.00001        -       -
   140                        0.48         0.00018        -       -
   141                        0.48         0.00001        -       -
   142                        0.49         0.00000        -       -
   143                        0.49         0.00000        -       -
   144                        0.50         0.00000        -       -
   145        a              28.16         2.62697       YES     YES
   146        a              49.33         0.47760       YES     YES
   147        a              57.82         1.39272       YES     YES
   148        a              60.93         0.51669       YES     YES
........