Author Topic: parallel geometry optimization fails at statpt step  (Read 10038 times)

tom

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parallel geometry optimization fails at statpt step
« on: February 18, 2010, 11:10:23 AM »
I am trying to do an excited state geometry optimization of a molecule (50 atoms) in C1 symmetry with Turbomole 6.0.5. When I invoke jobex with

nohup jobex -level cc2 -c 200 -gcart 4 > jobex.out

from the extended hückel MO guess, the optimization starts with a dscf step, which proceeds without errors. Then, it says in the job.last:

Quote
fine, there is no data group "$actual step"
next step = ricc2
STARTING ricc2 ON 8 PROCESSORS!

And the ricc2 program seems to start, but at the end of job.last, still in the ricc2 section (!)

Quote
*---------------------------------------------------------------------*
|               simplified C1 algorithm will be applied               |
*---------------------------------------------------------------------*
  MOs are in ASCII format !


 reading orbital data $scfmo  from file mos .

 orbital characterization : scfconv=8

fine, there is no data group "$actual step"
next step = ricc2

The next thing is the job.1 output, which indicates statpt has started, which terminates with:

Quote
<getgrd> : data group $grad  is missing


 MODTRACE: no modules on stack

 error reading energy and gradient in rdcor
 statpt ended abnormally
statpt step ended abnormally
next step = statpt

Of course, since ricc2 didn't do anything, it doesn't find a gradient.

I don't see any further output which indicates what could have gone wrong in the ricc2 step. What could be the problem here?

[By the way, can someone responsible please correct the '-level CC2' to '-level cc2' in the Turbomole Manual, p 161 and p 162, or make the jobex options case-insensitive? Using the wrong case doesn't start the calculation, which is really annoying if you had to spend a lot of time in the queue waiting for 8 processors to be available.]

My control file looks like this:

Quote
$title                                                         
$operating system unix                                         
$symmetry c1                                                   
$coord    file=coord                                           
$user-defined bonds    file=coord                             
$atoms                                                         
c  1,3,7,9-10,13,15-16,18,47                                                   \
   basis =c TZVP                                                               \
   cbas  =c TZVP                                                               
si 2,4,6,8,11,14,46                                                            \
   basis =si TZVP                                                              \
   cbas  =si TZVP                                                               
o  5,12,17                                                                     \
   basis =o TZVP                                                               \
   cbas  =o TZVP                                                               
h  19-45,48-50                                                                 \
   basis =h TZVP                                                               \
   cbas  =h TZVP                                                               
$pople AO                                                                       
$basis    file=basis                                                           
$rundimensions                                                                 
   dim(fock,dens)=181492                                                       
   natoms=50                                                                   
   nshell=307                                                                   
   nbf(CAO)=601                                                                 
   nbf(AO)=581                                                                 
   dim(trafo[SAO<-->AO/CAO])=641                                               
   rhfshells=1                                                                 
$scfmo   file=mos                                                               
$closed shells                                                                 
 a       1-106                                  ( 2 )                           
$scfiterlimit       30                                                         
$scfconv        8                                                               
$thize     0.10000000E-04                                                       
$thime        5                                                                 
$scfdamp   start=0.300  step=0.050  min=0.100                                   
$scfdump                                                                       
$scfintunit                                                                     
 unit=30       size=0        file=twoint                                       
$scfdiis                                                                       
$scforbitalshift  automatic=.1                                                 
$drvopt                                                                         
   cartesian  on                                                               
   basis      off                                                               
   global     off                                                               
   hessian    on                                                               
   dipole     on                                                               
   nuclear polarizability                                                       
$interconversion  off                                                           
   qconv=1.d-7                                                                 
   maxiter=25                                                                   
$optimize                                                                       
   internal   off                                                               
   cartesian  on                                                               
   global     off                                                               
   basis      off   logarithm                                                   
$coordinateupdate                                                               
   dqmax=0.3                                                                   
   interpolate  on                                                             
   statistics    5                                                             
$forceupdate
   ahlrichs numgeo=0  mingeo=3 maxgeo=4 modus=<g|dq> dynamic fail=0.3
   threig=0.005  reseig=0.005  thrbig=3.0  scale=1.00  damping=0.0
$forceinit on
   diag=default
$energy    file=energy
$grad    file=gradient
$forceapprox    file=forceapprox
$lock off
$maxcor     3000
$denconv     0.10000000E-06
$cbas    file=auxbasis
$ricc2
  cc2
  geoopt model=cc2       state=(s1)
  maxiter=512
$excitations
    irrep=a  multiplicity=  1  nexc=  1  npre=  0  nstart=  1
    spectrum  states=all  operators=diplen
    exprop  states=all  operators=diplen
$actual step      statpt
$statistics  off
$2e-ints_shell_statistics    file=metastase
$orbital_max_rnorm 0.13254929937581E-05
$last SCF energy change = -2643.8866
$dipole from dscf
  x     0.66022338137571    y    -1.35803464827535    z     0.00000000000396    a.u.
   | dipole | =    3.8381107999  debye
$TMPDIR /home/flock/tmp/
$SHAREDTMPDIR
$end

Arnim

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Re: parallel geometry optimization fails at statpt step
« Reply #1 on: February 19, 2010, 09:44:29 AM »
Hi,

please change
geoopt model=cc2       state=(s1)
to
geoopt model=cc2       state=(a 1)

This should do the trick.

Cheers,
Arnim

tom

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Re: parallel geometry optimization fails at statpt step
« Reply #2 on: April 03, 2010, 03:09:26 PM »
No, unfortunately that did not change anything.

tom

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Re: parallel geometry optimization fails at statpt step
« Reply #3 on: April 03, 2010, 09:04:02 PM »
OK, finally I figured out that it was some write permission problem on the tempdir. It would have been nice if some error message would have given this hint.

uwe

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Re: parallel geometry optimization fails at statpt step
« Reply #4 on: April 07, 2010, 11:36:10 AM »
Hi,

finding the error messages in the parallel version is sometimes a bit tricky. The error could be printed in the slave<N>.output file, in the job.* files, in the master output file, or in the error output of the queuing system - and in case that the kernel/glibc kills the process, in /var/log/messages (segmentation faults because of too low user limits are often not printed to any of the output files...). So depending on the kind of error (memory access, I/O, permissions, network problem, ...) an error message will be printed somewhere else. The only option to avoid that would be to have just one single output file for all programs and clients - as you know the overlap of that with respect to the default way in Turbomole is exactly zero  :(.

Regards,

Uwe