plt tool mislabelling atoms with ECPs

[Dempsey]

Dear Developers,

I have come across a minor problem with the plt tool. For calculations using ECP basis sets the plt tool presents any atoms as Z - Nelectrons in the ECP. For example, my molecule has ⁹⁴Pu and I am using the Dolg 60 electron ECP so the cub file created by the plt tool presents the ⁹⁴Pu as ³⁴Se. I double-checked and ⁹³Np becomes ³³As in the cub file confirming my suspicions about the interaction of plt with the ECP.

I compared the wavefunctions generated by both plt and tm2molden and they appear to be the same. The ECP atoms can be fixed manually by editing the cub file e.g. changing 34 to 94 but maybe you could implement a fix for this?

I should also note that I am using Turbomole 7.3, this may be fixed in newer versions?

Code: [Select]

$title
$operating system unix
$symmetry c1
$redundant    file=coord
$user-defined bonds    file=coord
$coord    file=coord
$optimize
 internal   on
 redundant  on
 cartesian  off
 global     off
 basis      off
$atoms
pu 1                                                                           \
   basis =pu def-SV(P)                                                         \
   ecp   =pu def-ecp                                                           \
   jbas  =pu def-SV(P)
o  2,5,8,11,14,17,20,23                                                        \
   basis =o def2-SVP                                                           \
   jbas  =o def2-SVP
h  3-4,6-7,9-10,12-13,15-16,18-19,21-22,24-25                                  \
   basis =h def2-SVP                                                           \
   jbas  =h def2-SVP
$basis    file=basis
$ecp    file=basis
$newecp
$rundimensions
   dim(fock,dens)=52606
   natoms=25
   nshell=125
   nbf(CAO)=322
   dim(trafo[SAO<-->AO/CAO])=385
   rhfshells=2
   nbf(AO)=291
$uhfmo_alpha   file=alpha
$uhfmo_beta   file=beta
$uhf
$scfiterlimit       3000
$thize     0.10000000E-04
$thime        5
$scfdump
$scfintunit
 unit=30       size=0        file=twoint
$scfdiis
$maxcor    500 MiB  per_core
$drvopt
   cartesian  on
   basis      off
   global     off
   hessian    on
   dipole     on
   nuclear polarizability
$interconversion  off
   qconv=1.d-7
   maxiter=25
$coordinateupdate
   dqmax=0.3
   interpolate  on
   statistics    5
$forceupdate
   ahlrichs numgeo=0  mingeo=3 maxgeo=4 modus=<g|dq> dynamic fail=0.3
   threig=0.005  reseig=0.005  thrbig=3.0  scale=1.00  damping=0.0
$forceinit on
   diag=default
$energy    file=energy
$grad    file=gradient
$forceapprox    file=forceapprox
$dft
   functional pbe0
   gridsize   m4
$disp3 -bj
$scfconv   8
$scfdamp   start=0.700  step=0.050  min=0.050
$scforbitalshift  automatic=.1
$ricore      500
$rij
$jbas    file=auxbasis
$marij
$last SCF energy change = -.40488317E-06
$ssquare from ridft
          6.025 (not to be modified here)
$charge from ridft
          4.000 (not to be modified here)
$dipole from ridft
  x     0.12195769945513    y     0.00426054814190    z     0.06652229715999    a.u.
   | dipole | =    0.3532693012  debye
$alpha shells
 a       1-57                                   ( 1 )
$beta shells
 a       1-53                                   ( 1 )
$pointval fmt=cub mo 110
$last step     ridft
$orbital_max_rnorm 0.27147188038346E-04
$subenergy  Etot         E1                  Ej                Ex                 Ec                 En                 Disp
-1161.602293901    -3945.264799283     1745.918486321    -77.06141850395    -4.307684619003     1119.137232935    -.2411075074845E-01
$end


Code: [Select]

amplitude of MO   57a      a      -1.06731a.u.
OUTER/INNER/MIDDLE LOOP: X,Y,Z
   25   -7.163758   -8.035522   -8.200891
   72    0.203215    0.000000    0.000000
   81    0.000000    0.202709    0.000000
   81    0.000000    0.000000    0.202628
   34    0.000000    0.040324    0.008193    0.009549
    8    0.000000    3.146616   -2.432724   -2.180174
    1    0.000000    2.745017   -2.158459   -3.593451
    1    0.000000    2.635920   -3.810491   -1.906671
    8    0.000000    3.076968    2.296790    2.447402
    1    0.000000    2.549683    2.045558    3.823159
    1    0.000000    2.658780    3.697589    2.136379
    8    0.000000    3.264512    2.244631   -2.227628
    1    0.000000    2.824009    3.651637   -1.982379
    1    0.000000    2.848885    1.962346   -3.635260
    8    0.000000    2.623040   -2.448840    2.415281
    1    0.000000    2.134659   -3.832814    2.132511
    1    0.000000    2.109782   -2.143523    3.785392
    8    0.000000   -3.163758    0.121235    3.191230
    1    0.000000   -2.760680   -1.062833    4.009380
    1    0.000000   -2.701127    1.299839    3.985409
    8    0.000000   -3.114510   -3.223036   -0.080960
    1    0.000000   -2.622558   -4.035522   -1.234956
    1    0.000000   -2.717292   -4.009175    1.126541
    8    0.000000   -2.898531    0.047471   -3.420261
    1    0.000000   -2.372725    1.208506   -4.200891
    1    0.000000   -2.432278   -1.154166   -4.176920
    8    0.000000   -2.947779    3.391742   -0.148071
    1    0.000000   -2.416113    4.154849   -1.318053
    1    0.000000   -2.510847    4.181195    1.043445

Best,
Dempsey

[uwe]

Hello,

you are right, cub files generated directly by the keyword

$pointval fmt=cub ...

do add the charge of the nuclei which in case of ECPs is not correct. Should be fixed in the next major release.

You could write standard plt format instead (just remove the fmt=cub option) and then use 'plt2cub' from here:

https://www.turbomole.org/turbomole/utilities/

to do the conversion. plt2cub should write the correct element identifiers also in case of ECPs.